Історія клубу "Суднобудівник" не пов'язана з МФК "Миколаїв", який раніше носив таку ж назву. Команда була створена тільки 2016 р. і вперше брала участь в офіційних змаганнях, які проводяться під егідою ААФУ.
Із сезону 2016/17 виступає в Другій лізі чемпіонату України.